Tiền thân của trường là Kurkölnische Akademie Bonn được thành lập vào năm 1777 bởi Maximilian Frederick của Königsegg-Rothenfels, hoàng tử-đại cử tri của Köln. Trong tinh thần Khai sáng, các học viện mới chủ trương không giáo phái. Học viện này đã có trường học thần học, luật, dược và nghiên cứu nói chung. Năm 1784 hoàng đế Joseph II cấp học viện quyền cấp bằng học thuật (Licentiat và tiến sĩ), chuyển học viện thành trường đại học. Học viện này đã bị đóng cửa vào năm 1798 sau khi tả ngạn của sông Rhine bị Pháp chiếm đóng trong Chiến tranh Cách mạng Pháp.

Người sáng lập đại học Frederick William III của Phổ. Rhineland trở thành một phần của Phổ vào năm 1815 do kết quả của Hội nghị Vienna. Ngay sau khi chiếm giữ của Rheineland vào ngày 05 tháng 4 năm 1815, vua Phổ Friedrich Wilhelm III hứa sẽ thành lập một trường đại học mới ở tỉnh Rhine mới. Vào thời gian này không có trường đại học ở Rhineland, do tất cả ba trường đại học đã tồn tại cho đến cuối thế kỷ 18 đã bị đóng cửa vì sự chiếm đóng của Pháp. Kurkölnische Akademie Bonn là một trong ba trường đại học. Hai trường khác là Trường Đại học Công giáo La Mã và Đại học Köln Tin Lành Duisburg